Il est difficile de dater avec précision l'arrivée des premiers habitants, mais il est vraisemblable que le peuplement d'origine africaine précéda la venue des Arabo-Shirazi et des Malgaches.
Il semble probable que la vague de population africaine originaire de la côte orientale d'Afrique a atteint les Comores à l'âge du fer, entre le Ve et le Xe siècle.
Malheureusement, on ne sait que peu de chose sur cette période. Ont-ils été les premiers ? Ont-ils été précédés par des Protomalgaches en route vers Madagascar ? ou par ces navigateurs commerçants d'origine indéterminée désignés ultérieurement comme Antalotes ?
Toujours est-il que la chronique de Saïd Bakari qui relate l'origine des sultanats de Grande Comore suggère que les premiers arrivants venaient d'Afrique.
Les courants marins et les régimes des moussons rendent également plausibles des passages, à une époque reculée, de gens venant d'Asie du Sud-Est. Certains éléments très anciens de la civilisation comorienne proviennent probablement, directement ou non, de cette région (pirogue à balancier, bétel, cocotier et peut-être riz).
De toute façon, ce n'est sans doute qu'à partir du XVIe siècle que l'arrivée aux Comores d'une nouvelle vague d'Arabo-Shirazi (venant soit directement de " Shiraz ", terme désignant, en fait, le golfe Arabo-Persique, soit de la côte est du continent appelée Zanj ou Mrima) transforma en profondeur la société existante, les nouveaux venus dominant les chefs traditionnels et (ou) s'alliant à eux par des mariages. C'est de cette époque que datent des sources écrites, manuscrits en arabe, en swahili ou en comorien en graphie arabe, qui permettent de reconstituer des généalogies.
L'islamisation s'impose de façon plus générale : construction de la première mosquée en pierre de Mayotte, à Chingoni en 1566, et de celle d'Anjouan, à Sima, à peu près à la même époque.
Il n'y a pas un type physique comorien mais tout un spectre de métissages allant du plus clair, à dominante arabe, au plus foncé, à dominante africaine.
Ce cocktail génétique – sur un fond africain des apports arabes, indonésiens-malgaches et même indiens et européens – n'empêche pas qu'une unité culturelle profonde rattache l'archipel à l'aire de culture swahili, laquelle s'étend le long de la côte de la Somalie au Mozambique en incluant les îles (Pate, Lamu, Pemba, Zanzibar, Mafia et Comores).
Il ne s'agit pas de nier les particularismes de chaque île, ni les variantes régionales à l'intérieur d'une même île, mais de dégager les éléments communs à l'ensemble comorien.
Une langue, le comorien, divisée en deux groupes dialectaux : d'une part, anjouanais/mahorais ; d'autre part, grand-comorien/mohélien. L'intercompréhension entre locuteurs des quatre parlers est possible même si elle demande un effort ; par contre, il n'y a pas intercompréhension avec le swahili standard, fondé sur le parler urbain de Zanzibar, qui ne servait que de langue diplomatique et commerciale dans les rapports de l'archipel avec le reste de la région.
Le ciment véritable de toute cette culture est l'islam (sunnite, rite shaféite).
Sa pratique rigoureuse influence la vie de chaque individu par le respect des cinq obligations de l'islam, mais n'en laisse pas moins subsister un complexe de coutumes d'origine africaine préislamique, très proches de celles des peuples du continent : dévolution matrilinéaire des droits fonciers et responsabilité de l'oncle maternel sur les enfants de sa s½ur, par exemple, ou encore rôle des devins thaumaturges, les Mwalimu (de l'arabe 'ulama , " savants "), identique à celui des " féticheurs " traditionnels.
Le " grand mariage ", source de dépenses ostentatoires aux conséquences économiques néfastes, est également un exemple d'institution africaine islamisée, dont le rituel (danses, notamment) n'a rien de coranique ou d'arabe.
C'est précisément ce mélange fonctionnel de traits culturels africains et orientaux qui caractérise la culture swahili dans son ensemble.
En témoigne la facilité avec laquelle les Comoriens expatriés s'insèrent dans la vie sociale des autres îles et établissements côtiers.
Certains lignages nobles sont ainsi représentés jusqu'aux confins somalo-kényans, leurs membres occupant des fonctions administratives et religieuses importantes, à Lamu et Zanzibar entre autres.
Parallèlement, une émigration populaire nombreuse a fourni des ouvriers et des petits cadres de Madagascar à la péninsule arabique et même au-delà.
Les Indiens, minorité musulmane Chiite, de rite ismaélien, pratiquent une endogamie presque totale et conservent en famille l'usage de la langue du Gudjarat (province d'origine de la plupart d'entre eux). Ils sont essentiellement commerçants et entretiennent des liens familiaux et économiques dans toute la région.
Les chrétiens, en très petit nombre, sont les descendants de créoles des Mascareignes ou des métis français.
